土壤中微生物的種類較多，有細菌、真菌、放線菌、藻類和原生動物等。數量龐大，1克土壤中就有幾億到幾百億個。大部分土壤微生物對作物生長發育是有益的，它們對土壤的形成發育、物質循環和肥力演變等均有重大影響，當然也有不被人喜歡的致病微生物。正是有了微生物的存在，大地才有了春華秋實的生生不息。那么微生物在土壤中都干些啥呢？

    作為土壤的活躍組成分，土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，最終形成真正意義上的土壤。土壤微生物的區系組成、生物量及其生命活動對土壤的形成和發育有密切關系。

    土壤有機質，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料等，只有經過微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤結構和耕性。

    土壤微生物的代謝產物能促進土壤中難溶性物質的溶解。例如磷細菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。這些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工廠，將土壤中的礦質肥料加工成作物可以吸收利用的形態。

    植物不能直接利用空氣中的氮氣，但某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當于土壤有了自己的氮肥生產車間了。

    植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質元素的營養以及有機酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機營養，促進植物的生長。土壤微生物與植物根部營養有密切關系。

    微生物之間有互惠互利的，也有相互敵對的。其中一些抗生性微生物能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，可以防治和減少土壤中的病原微生物對作物的危害。

    微生物可以降解土壤中殘留的有機農藥、城市污物和工廠廢棄物，將其分解成低害甚至無害的物質，降低殘毒危害。當然，這些強大的功能需要由不同種群的微生物協作完成。

    看不見的土壤微生物功能竟如此之強大。通過合理開發和篩選有效菌種，培育高效菌種，完全可以實現污染土壤的修復、菌肥生產等，在工農業生產上可以說是應用前景不可限量。土壤管理者也可根據實際情況，通過改進施肥、栽培制度、人為引入有益的土壤微生物等措施，來恢復原有的微生物群落或增加某些功能，從而抑制作物土傳病菌、提高土壤微生物多樣性，有助于土壤生態肥力的提高，從根本上防治作物土傳病害、連作障礙。